Năm 1998, Trung tâm Nghiên cứu Y học lâm sàng (tiền thân của Bệnh viện Trường ĐH Y Dược Huế) được thành lập, cán bộ của bộ môn còn tham gia công tác xét nghiệm Vi sinh cho công tác khám chữa bệnh. Năm 2003 Bệnh viện Trường ĐH Y Dược Huế được thành lập thay thế Trung tâm Nghiên cứu Y học lâm sàng, do vậy tháng 7 năm 2003, Khoa Vi sinh của Bệnh viện được thành lập, hoạt động của Khoa Vi sinh dựa trên nền tảng cơ sở vật chất, phòng thí nghiệm và nhân lực của Bộ môn Vi sinh. Ngoài nhiệm vụ chuyên môn giảng dạy, nhân viên Bộ môn còn đảm nhiệm thêm công tác xét nghiệm chẩn đoán vi sinh của Khoa Vi sinh, Bệnh viện Trường ĐH Y Dược Huế.
Sự phát triển Bộ môn về cơ sở vật chất bắt đầu tháng từ 10/2007 với giai đoạn cải tạo các phòng thí nghiệm với sự hỗ trợ của chính phủ Italy trong dự án Carlo Urbani.
Một số dự án nghiên cứu hợp tác được triển khai trong giai đoạn này với một số đối tác như Trung quốc, CHLB Đức, nhiều bài báo khoa học của cán bộ khoa học bộ môn được đăng trên các tạp chí trong nước và quốc tế.
Năm 2008 – nay
Song song với công tác đào tạo, sự phát triển của Bộ môn Vi sinh được đánh dấu bởi sự cải tạo và nâng cấp phòng thí nghiệm của Bộ môn trong dự án xây dựng trung tâm Carlo Urbani ở trường và sự tham gia của cán bộ khoa học và nhân viên vào dự án Carlo Urbani. Tháng 3 năm 2009, phòng thí nghiệm Carlo Urbani được đưa vào sử dụng với diện tích phòng xét nghiệm được cải tạo mới khoảng 220m2 – gồm 02 phòng thí nghiệm an toàn sinh học cấp 3 (BSL3) cho nghiên cứu vi khuẩn và virus, 01 phòng thí nghiệm an toàn sinh học cấp 2 (BSL2) cho nuôi cấy tế bào và các phòng xét nghiệm sinh học phân tử. Bộ môn đã có nhiều đề tài nghiên cứu khoa học thực hiện trong nước cũng như hợp tác quốc tế, đặc biệt với Ý, Đức, Estonia, Hàn Quốc, Trung quốc và Thái Lan…Nhiều bài báo quốc tế đã được công bố.
