Ngày 15 tháng 4 năm 2010, thành lập Đơn vị Vật lý trị liệu - Phục hồi chức năng trực thuộc Bệnh viện Trường Đại học Y Khoa - Đại học Y Dược, nhằm đáp ứng nhu cầu được điều trị và chăm sóc toàn diện của bệnh nhân tại Bệnh viện Trường Đại học Y Dược Huế. Những ngày đầu thành lập, tuy điều kiện về cơ sở vật chất và trang thiết bị điều trị còn gặp nhiều khó khăn nhưng Đơn vị đã triển khai các kỹ thuật vật lý trị liệu cơ bản cho cả bệnh nhân ngoại trú và bệnh nhân nội trú điều trị tại các khoa lâm sàng.
Ngày 05 tháng 05 năm 2020, Khoa Phục hồi chức năng được thành lập trên cơ sở Đơn vị Vật lý trị liệu - Phục hồi chức năng thuộc Bệnh viện Trường Đại học Y - Dược Huế. Cùng với sự phát triển mạnh mẽ của Bệnh viện, Khoa Phục hồi chức năng cũng đã có những bước chuyển mình đáng kể trong những năm vừa qua. Toàn bộ cán bộ Bộ môn Phục hồi chức năng của Trường đều kiêm nhiệm làm tại Bệnh viện, bên cạnh đó còn có một số cán bộ cơ hữu là kỹ thuật viên vật lý trị liệu hoạt động trị liệu, ngôn ngữ trị liệu. Số lượng bệnh nhân điều trị tại Khoa luôn ở mức cao và có xu hướng tăng lên mỗi năm. Lĩnh vực điều trị được mở rộng, bên cạnh Vật lý trị liệu còn có Hoạt động trị liệu và Âm Ngữ trị liệu. Hoạt động hợp tác quốc tế của Đơn vị được triển khai hiệu quả với nhiều đối tác đến từ Mỹ, Úc, Hàn Quốc, Hà Lan, Pháp,... góp phần không nhỏ trong việc phát triển chuyên môn và triển khai các kỹ thuật điều trị mới