Khoa Giải phẫu bệnh được thiết lập và hoạt động từ những năm đầu tiên của Trung tâm y học lâm sàng (1998) sau này là Bệnh viện Trường Đại học Y - Dược Huế. 

Sau khi kiện toàn cơ cấu các đơn vị của Bệnh viện, Ban giám đốc ban hành Quyết định thành lập Khoa vào năm 2002. 

1. Ban chủ nhiệm Khoa Giải phẫu bệnh:

Hiện nay (từ 06/2018 đến nay)

Trưởng Khoa: TTUT, PGS.TS. Đặng Công Thuận

Phó Trưởng Khoa: PGS.TS. Nguyễn Văn Mão

Qua các thời kỳ:

 Từ khi thành lập Khoa năm 2002 đến năm 2014:

Trưởng Khoa: ThS. BS. Ngô Văn Trung

Phó Trưởng Khoa: TS. Đặng Công Thuận

Từ 2015 đến 2017:

Trưởng Khoa: ThS. BS. Ngô Văn Trung

Phó Trưởng Khoa: PGS. TS. Đặng Công Thuận

Phó Trưởng Khoa: TS. Nguyễn Văn Mão

2. Nhân sự:

Khoa Giải phẫu bệnh hiện tại có 10 người, trong đó có 5 Bác sĩ (2 PGS, 1ThS, 2 BS), 4 Kỹ thuật viên (3 ThS, 1 CN) và 1 Hộ lý. Tất cả các BS, KTV đều được đào tạo Sau đại học đúng chuyên ngành trong nước, một số được đào tạo chuyên sâu dài hạn và ngắn hạn ở nước ngoài như Pháp, Mỹ, Bỉ, Trung Quốc… cũng như thường xuyên trao đổi, học tập, cập nhật chuyên môn do các chuyên gia ở các nước trên thế giới và trong nước đảm nhiệm thông qua các hợp tác trao đổi, các khóa đào tạo y khoa liên tục, các hội thảo quốc tế và trong nước.

1. TTUT, PGS.TS. Đặng Công Thuận

2. PGS.TS. Nguyễn Văn Mão

3. ThS.BS. Nguyễn Trần Bảo Song

4. BS. Trần Thị Nam Phương

5. BS. Ngô Quý Trân

6. ThS.CN. Trần Nam Đông

7. ThS.CNXN. Lê Thị Thu Thảo

8. ThS.CNXN. Ngô Cao Sách

9. CNXN. Trần Thị Hoàng Liên

10. Hộ lý: Võ Thị Hồng Vân

- Ban chủ nhiệm Khoa Giải phẫu bệnh:

Trưởng Khoa: TTUT, PGS.TS. Đặng Công Thuận

Phó Trưởng Khoa: PGS.TS. Nguyễn Văn Mão

- Kỹ thuật viên Trưởng:

CNKTYH. Trần Thị Hoàng Liên

- Phụ trách quản lý chất lượng:

ThS.CNKTYH. Trần Nam Đông

- Phụ trách Kiểm soát nhiễm khuẩn:

ThS. CNKTYH. Ngô Cao Sách

Khoa Giải phẫu bệnh hiện tại có 10 người, trong đó có 5 Bác sĩ (2 PGS, 1ThS, 2 BS), 4 Kỹ thuật viên (3 ThS, 1 CN) và 1 Hộ lý.

Chức năng chính của Khoa Giải phẫu bệnh bao gồm:

1. Khám chữa bệnh:

• Xét nghiệm và chẩn đoán Tế bào học (bao gồm cả kỹ thuật ThinPrep và LiquiPrep Pap Test)
• Xét nghiệm và chẩn đoán Mô bệnh học (bao gồm cả kỹ thuật Khối tế bào, Cell block)
• Xét nghiệm và chẩn đoán Hóa mô miễn dịch
• Xét nghiệm và chẩn đoán khuếch đại gen bằng kỹ thuật lai tại chỗ gắn hai màu (Dual-ISH)

2. Đào tạo:

• Đào tạo các khóa học ngắn hạn tại Bệnh viện Trường Đại học Y Dược Huế về Tế bào học, Mô bệnh học, Kỹ thuật Giải phẫu bệnh... 
• Tham gia đào tạo các chứng chỉ hỗ trợ, môn học cho các học viên Cao học, BS nội trú các chuyên ngành liên quan như: Khoa học y sinh, Y học chức năng, Chẩn đoán hình ảnh, Ung bướu...
• Hướng dẫn khoa học cho các học viên NCS, Cao học, sinh viên và các học viên Sau Đại học, sinh viên thực hiện các đề tài NCKH, luận văn, luận án tại Khoa.
• Tổ chức và tham gia các khóa đào tạo y khoa liên tục, cập nhật kiến thức chuyên ngành mang tầm quốc tế. Liên kết với các giảng viên đến từ Hoa Kỳ, Canada, Úc,  Pháp, Singapore, Hong Kong...để tổ chức các khóa đào tạo y khoa liên tục.

3. NCKH và Hợp tác Quốc tế:

Chủ trì và tham gia các đề tài cấp Bộ, cấp Tỉnh, cấp Đại học Huế và cấp Trường. Tham gia nhiều đề tài nhánh cấp Nhà nước, cấp Bộ trọng điểm, cấp Bộ, cấp Tỉnh, cấp Đại học Huế và cấp Trường. Chủ đề chính của các đề tài đã thực hiện: Nghiên cứu về phân loại, phân độ Giải phẫu bệnh và áp dụng hóa mô miễn dịch, lai tại chỗ trong chẩn đoán chuyên sâu.

Khoa đã tổ chức các khóa đào tạo, cập nhật kiến thức chuyên ngành, liên kết với các giảng viên là GS, PGS, TS, BS nước ngoài (Hoa Kỳ, Pháp, Canada, Singapore, Hong Kong...) để đào tạo cho giảng viên, KTV của Khoa và các Bộ môn, Khoa liên quan khác trong Bệnh viện, trong khu vực và cả nước.